A presença de judeus na Holanda provavelmente começou quando estas terras foram conquistadas pelo Império Romano. Pouco se sabe sobre estes primeiros habitantes judeus, mas provavelmente eram pouquíssimos – algumas famílias vivendo espalhadas pelo território.

As evidências históricas mais antigas já encontradas contêm informações até, no máximo, o ano 1100. Por alguns séculos, parece que os judeus eram expulsos e perseguidos regularmente, sendo a mais violenta dessas perseguições a de 1349-1350, quando os judeus foram ameaçados de espalhar a Peste Negra. Os judeus que sobreviveram aos massacres foram expulsos e, pelos próximos duzentos anos, o número de judeus na região foi, provavelmente, próximo de zero.

Até o século XV, os países baixos (na época Holanda, Bélgica, Luxemburgo, parte da França e parte da Alemanha) eram um aglomerado de condados, ducados e dioceses que pertenciam ao Duque da Borgonha, depois passaram a ser propriedade do Reino da Espanha. No entanto, surgiram problemas na época da Reforma Protestante, pois os países baixos adotaram a nova interpretação do cristianismo e a Espanha permaneceu católica. Isso acabou fazendo com que as Províncias Unidas (como se chamava essa região) declarasse sua independência.

A nova “constituição” garantia liberdade de culto, o que atraiu muitos judeus que tinham sido expulsos da Espanha e de Portugal e que praticavam o judaísmo em segredo. No início, eles também não foram muito bem aceitos na Holanda, sendo até proibidos de entrar em algumas cidades, mas conseguiram se estabelecer em Amsterdam e até fundaram uma sinagoga.

A Igreja Protestante estava descontente com o fato de os judeus não serem oprimidos, mas as autoridades civis não simpatizavam com a idéia, pois os judeus eram importantes comerciantes e mercadores, trocando os bens que haviam trazido da Península Ibérica.

Como resultado disso, novas leis foram promulgadas em 1619, deixando as decisões sobre como lidar com os judeus nas mãos das autoridades de cada cidade. Amsterdam declarou que os judeus eram bem-vindos, mas não como cidadãos, elas podiam exercer sua profissão livremente, mas eram um pouco desfavorecidos politicamente. A maioria das cidades fez como Amsterdam, mas algumas deram aos judeus direitos plenos e outras não deram nenhum. No geral, a Holanda era um lugar favorável para os judeus. Os judeus foram fortes aliados da casa real de Orange, que em retorno, protegia-os.

Até este momento, havia apenas Sefaradim na Holanda, mas em 1620, chegaram os primeiros Ashkenazim, que se assentaram principalmente em Rotterdam e Haia. Rapidamente os ashkenazim ultrapassaram os sefaradim em números, embora continuassem em desvantagem política e econômica.

Como a grande maioria das comunidades judaicas no resto do mundo, os judeus da Holanda tinham seu próprio governo semi-autônomo – eram julgados pelo Bet Din, apontavam seus líderes para sua kehilá, etc. A diferença é que os judeus da Holanda eram mais integrados à sociedade e mais bem quistos. Eles podiam praticar medicina (apenas a medicina) entre os não-judeus, tornaram-se grandes acionistas da Companhia das Índias Ocidentais. Tiveram sucesso também nas indústrias, como tabaco, refino de açúcar e impressão. A indústria de diamantes tornou-se quase exclusivamente judaica, devido ao sucesso dos judeus nela.

Não foram instituídos guetos na Holanda, mas existia o bairro judeu, que os judeus podiam entrar e deixar à qualquer hora. O artista Rembrandt, por exemplo, morava e trabalhava no bairro judeu. Não existia violência anti-semita na Holanda, mesmo que no resto da Europa ainda se acreditasse que se requeria o sangue de uma criança para fazer matzah. Havia até conversões de cristãos ao judaísmo.

É importante notar que os únicos que atingiram este grau de bem-estar social foram os Sefaradim. Os Ashkenazim, mais numerosos, formavam algo parecido com uma classe operária, continuavam a falar Yiddish e não fizeram nenhuma contribuição duradoura para a cultura holandesa e nem para sua própria, nem sequer produziram rabinos próprios, tendo que trazer rabinos estrangeiros.

Os judeus não eram um grupo coeso, os sefaradim e ashkenazim tinham cada um sua própria kehilá e os ashkenazim ainda eram divididos entre os alemães e os poloneses. Ainda mais cismas ocorreram com o aparecimento do falso messias Shabbetai Tzvi. Outras controvérsias foram os casos de excomunhão de Baruch Spinoza e Uriel da Costa, dois filósofos racionalistas que foram considerados heréticos pelos rabinos ortodoxos da comunidade.

No século XVIII, o comércio exterior da França e da Inglaterra cresceu muito, ultrapassando o da Holanda, que diminui muito, deixando o país numa situação de pobreza. Assim, ao fim do século, um pouco mais da metade dos judeus sobrevivia apenas de caridade, tanto na comunidade sefaradi quanto na ashkenazi.

Insatisfeitos com sua situação econômica e influenciados pela Revolução Francesa, os judeus começaram a lutar pela emancipação e pela abolição da kehilá como governo próprio. A República Batava (assim chamava-se o governo fantoche da França na Holanda) oficialmente instituiu a emancipação em 1796. Muitos judeus no entanto, rejeitaram a emancipação e a comunidade novamente se dividiu em dois grupos: pró e contra a emancipação. O governo ficou ao lado daqueles que eram a favor e Napoleão também, quando anexou o país e transformou-o no Reino da Holanda.

Apesar disso, a situação não mudou quase nada, devido aos distúrbios causados pelas guerras napoleônicas e pela situação econômica ruim. Em 1814, um golpe instaurou um novo rei no governo, que herdou uma população judaica muito pobre. A situação não demorou a melhorar, no entanto. O crescimento econômico da Holanda beneficiou os judeus e logo eles voltaram a trabalhar nas indústrias de diamantes e algodão, principalmente.

O rei, William I, começou a regular os assuntos internos dos judeus, desfazendo a kehilá e instaurando a educação secular compulsória para as crianças judias. Ele também lutou contra o Yiddish, o que fez com que os judeus adotassem, largamente, o holandês. Os esforços do governo foram ajudados pelos Maskilim (iluministas judeus). Os judeus entraram nas profissões liberais de vez e muitos viraram médicos ou advogados.

Como as novas oportunidades se concentravam principalmente nas cidades, a maioria dos judeus se transferiu para os grandes centros urbanos, deixando o campo e tornando-se uma população citadina. No final, a comunidade judaica desta época na Holanda era mais liberal que no resto da Europa.

A comunidade judaica prosperou, até a Segunda Guerra Mundial. Entre 1939 e 1940, em torno de 30.000 judeus entraram na Holanda fugindo do Holocausto e quando a Holanda foi invadida pela Alemanha, a força de ocupação contou 154.000 judeus lá, embora muitos não o fossem. Como em outros países, leis anti-judaicas foram estabelecidas e, em 1942, iniciou-se a deportação dos judeus para os campos de extermínio. A maioria dos judeus foi deportada para Auscwitz ou Sobibor.

A Holanda é famosa pelo fato de muitos judeus terem sobrevivido ao holocausto com ajuda de holandeses não-judeus, escondendo-se em suas casas, forjando documentos com sua ajuda ou de outras maneiras. O caso mais famoso é o de Anne Frank, que viveu escondia com sua família e mais algumas pessoas em Amsterdã, sendo capturada e morta perto do fim da Guerra.

Apesar disso 75% da população foi morta e em 1946, existiam apenas 30.000 judeus na Holanda. Isso se deve ao fato de que era muito difícil para os holandeses não-judeus fazer algo que realmente mudasse a situação e porque os setores que colaboraram com a ocupação tinham muito mais facilidade em alcançar seus objetivos.

Após o Holocausto, muitos emigraram para Israel, as relações com os não-judeus eram amistosos e pagamentos de compensação pelo Holocausto enriqueceram a comunidade, que, no entanto, definitivamente não era a mesma de antes.

Hoje em dia, a comunidade judaica holandesa é muito liberal, mas a crescente presença do Chabad confere um grau de conservadorismo a ela. Existem três escolas judaicas em Amsterdã e comida kasher está disponível nesta cidade, em Haia e em algumas outras.

As relações entre Israel e a Holanda têm sido amigáveis. A Holanda votou a favor da partilha da Palestina e defendeu Israel diversas vezes na ONU e na União Européia. Ajuda militar esporádica foi dada pela Holanda a Israel, também. Na mídia holandesa existe grande simpatia pela causa palestina. Mesmo assim, a OLP e a ANP receberam apenas reconhecimento limitado em Haia, a capital política do país. A antiga sinagoga Portuguesa, a Snoga, construída em 1672, continua de pé e está sendo utilizada. Além disso, existe um snif do Habonim Dror em Amsterdã.